En la Intervención francesa, Manuel González se integró al ejército liberal. Su padre había muerto en la invasión de Estados Unidos. Fue ese recuerdo el que lo llevó a cambiar de bando, pues era realista.
Juárez lo envía a las órdenes del General Porfirio Díaz, con quien tendría estrecha amistad, hasta su muerte. Fue herido y cayó prisionero, pero logró escapar para regresar a combatir por la república.
Ascendió a coronel y a general de brigada con mención de honor por su valor. Apoyó a Porfirio Díaz en el Plan de la Noria, y a pesar de la derrota, lo apoyó de nuevo en el de Tuxtepec. La batalla principal, contra Lerdo de Tejada, fue intensa, González perdió el brazo derecho.
Don Porfirio nunca lo olvidó. González era un político diestro, aunque tenía mala fama, y sabía ser generoso con sus adversarios. Durante su gobierno, González retomó las relaciones con Reino Unido y Francia, terminó la construcción del ferrocarril de México a Paso del Norte. Estableció a partir de enero de 1884, el sistema métrico decimal. En 1883 emitió moneda de níquel, en vez de plata, lo que provocó un motín en el Zócalo, pero González enfrentó a la multitud y lo resolvió.
González quería pagar la deuda y para ello se emitirían bonos por 15 millones, lo que provocó un motín de 4 días destrozó el centro de la Ciudad. Díaz lo acusaba de corrupto, pero sin dar la cara, usaba los periódicos para evitar que González se quisiera reelegir. Díaz esperaba la presidencia en 1884. De ahí en adelante Don Porfirio no se iría hasta 1911.
El congreso de Guanajuato nombró a González, gobernador y lo reeligieron tres veces. Murió de cáncer el 8 de mayo de 1893.
Quedó sepultado en la Rotonda de los Ilustres.